Bibliothek Bereinigen geht auch mit mehreren Festplatten schnell - bei mir mit alleine über 5000 Filmen dauert es weniger als eine Minute. Aber in der Tat ist das nicht geeignet, wenn man nicht die komplette Mengen an in die Bibliothek aufgenommener Pfade (Festplatten) angebunden hat.
Selbst mache ich etwas ähnliches - tausche nicht DVD gegen BR sondern halt SD Fernsehaufnahmen gegen HD aus, ganz ähnlich wie ich es beschrieben hatte als 1. bis 4., allerdings Skript-gesteuert und mache dabei auch noch bisschen mehr, wie Backups auch aktualisieren. Für mich ist die Methode praktikabel, insgesamt sehr viel weniger Aufwand, die Bibliothek zu pflegen, als die Aufnahmen zu organisieren, schneiden, ... Mache das halt 2-stufig: Neue Medien kommen erst Mal in ein temporäres "Neu-Verzeichnis" außerhalb der Kodi-Source-Pfade und dann das beschriebene Verfahren. (Wobei 1. Wegschieben dann 1. alte Inputs löschen wird).
Ich denke, mit einfachen Kodi-Enduser-Methoden kriegst du deine Anforderungen nicht erfüllt. Vielleicht haben andere Forums-Teilnehmer bessere Vorschläge. Was mir noch einfiele, bei Programmier- und Datenbank-Skills ist die direkte Manipulation der DB oder die Nutzung der JSON-RPC-API, https://kodi.wiki/view/JSON-RPC_API, dort die Methoden VideoLibrary.GetMovies mit Filter um Library-ID herauszukriegen und VideoLibrary.SetMovieDetails um dateadded zu setzen.
Das ist übrigens ein häufiges Diskussions-Thema hier im Forum - viele Benutzer erwarten intuitiv ein "echtes Aktualisieren" der Bibliothek, Kodi macht das aber nicht. Selbst habe ich mir den Kodi-Quelltext schon angesehen, wie man das implementieren könnte, aber da reichen meine Kenntnisse der Kodi-Innereien leider nicht. Dein Fall ist nochmals speziell, da für dateadded auch das individuelle Aktualisieren des einzelnen Films nicht reicht. Ich denke, da hat sich bei Kodi schon ein Entwickler Gedanken dazu gemacht, und das explizit ausgeschlossen. Möglicherweise eine fragwürdige Design-Entscheidung oder ein Versehen, insbesondere vor dem Hintergrund dass per Default ja gar nicht das Datum genommen wird, an dem der Film in die Bibliothek aufgenommen wird, sondern der Datumsstempel der Datei. Könntest versuchen ein Issue aufzumachen/ein Featurerequest zu machen. https://kodi.wiki/view/HOW-TO:Submit_a_bug_report
Selbst fände ich ein "Echtes Aktualisieren" auch sinnvoll, die DB gibt es im Prinzip jetzt schon her, da ja der Datumsstempel drin steht. Sinnvoll wäre ein zweiter Datumsstempel - einer für Date Added und einer für Datei-Datum. Zusätzlich wäre sinnvoll auch noch .nfo Files (Änderungen darin) trackbar zu machen. Wenn sich Medien-Datei oder nfo ändern Bibliothekseintrag auch ändern. Bisher rührt Bibliothek-Aktualisieren halt schon vorhandene Medien einfach nicht an. Spräche ja nichts dagegen, zusätzlich die jetzige Funktionalität beizubehalten.