Wenn ich auf die Kodi Partition auf dem USB Stick lokal zugreife, kann ich da in den Config Dateien irgendwie die logging Funktion abschalten?
Die Einstellung zu Debug-Logging wird in guisettings.xml gespeichert. Dort findest du, bei angeschaltetem Debug-Logging vermutlich eine Zeile <setting id="debug.showloginfo">true</setting>, kannst du ändern in <setting id="debug.showloginfo" default="true">false</setting>. Die Datei findest du im userdata-Ordner: https://kodi.wiki/view/Userdata#guisettings.xml
Ich würde mir vorher das Log ansehen - möglicherweise erkennst du, woran es liegt, dass Kodi nicht mehr richtig startet. Sowas sollte selbstverständlich nicht vorkommen, dass nur wegen der Einstellung zu Debug-Log Kodi nicht mehr startet. Dein autoexec.py solltest du sorgfältig prüfen. Ansonsten möglicherweise eine Sache für einen Bug Report (wenn dein Code in autoexec.py korrekt. Das ist meines Erachtens ein Feature für technisch sehr versierte Nutzer, die auch Grundkenntnisse in Python haben).