Problem selbst gelöst. Für alle zukünftig Suchenden bzw. "Noch"-Suchenenden:
Um beim Betrieb von zwei (oder mehr) Flirc das "Verdoppeln" der Signale (IR-Crossing) zu vermeiden, einfach den betreffenden Flirc in den USB-Anschluss des Rechners stecken und via FLIRC-Software (bei mir Version 4.0.2) auf "File"-->"Advanced"-->Profil des jeweiligen Empfangsgerät. Fertig
Bei mir sieht es nun so aus, dass ein Flirc auf das Profil "XMBC/Kodi" getrimmt ist und der andere Flirc auf "Amazon Fire TV". Beide Profile sind praktischerweise bereits als "default" vorprogrammiert.
Damit löst ihr das Problem einer potentiellen Störung der Empfäng durch zu viele Sendesignale und die Harmony weiß mit "wem" sie kommunizieren muss. Perfekt.
Hoffe es hilft noch dem ein oder anderen.
MfG