Ich habe hier vor einiger Zeit mal meine NAS / HTPC Zusammenstellung veröffentlicht. Bis auf das Gehäuse, sollte es deinen Anforderungen entsprechen und ist locker im Budget drin. Die CPU reicht für Videos etc übrigens vollkommen aus. Läuft genauso flüßig wie auf dem dicken i5 selbst bei vielen Hintergrundprozessen etc pp.
Mainboard: Gigabyte Z87X-UD3H (habe ich wegen den vielen SATA Anschlüssen gewählt, in deinem Falle reicht dann auch ein günstigeres)
CPU: Intel Pentium G3220T
CPU Kühler: Thermaltake Contac 16 (Lüfter runtergenommen, somit passiv gekühlt, reicht vollkommen für einen i5 T)
Netzteil: Silverstone SST-ST50NF (passiv gekühlt)
Arbeitsspeicher: 8gb ollen DDR3 1333mhz (4gb reichen aber auch lange)
Kühlung: 2x120mm Enermax T.B.Silence
-> PWM / gesteuert per SW fancontrol
-> direkt vor den Festplatten
-> unhörbar bis 1000rpm aus 50cm Entfernung
-> bei 500rpm musst du das Ohr schon auf den Lüfter legen
-> Bei der Hitzewelle in den letzten Tagen kam ich auf die folgenden Werte: 5xHDD, alle zwischen 32 und 35°C, CPU Kerne bei 38°c, Mainboard Sensoren bei 42°C
Dabei steht das Gehäuse direkt unter der hölzernern Dachschräge, war unertragbar hier drin 
(Gehäuse: Xigmatek Asgard 381)
Für Gehäuse gucke ich immer gerne bei Caseking, die haben eine eigene HTPC Abteilung und mMn vernünftige Preise und vor allem eine Große Auswahl mit vorhandenen Gehäusen. Mindfactory ist auch immer einen Blick wert, zumindest zum Suchen eines Gehäuses, die haben so einen tollen Konfigurator um sehr speziell zu suchen. Bestellen werde ich da persönlich aber nie wieder.. 
SSD: Bin überzeugt von den 840ern von Samsung. Gibts leider erst ab 120gb ist aber noch bezahlbar mit ~60Euro
HDD: Bei dem Budget WD Green oder WD Red. Kommt auf die Belastung an. Bei normalem Gebrauch (24/7 + paar Filme am Tag) würde ich zur Green greifen, weil: weniger Umdrehungen, geringerer Stromverbrauch
IR: Ich würde persönlich zwar auf CEC setzen, aber bei IR würde ich zu einem externen Empfänger greifen.
Wenn wirklich zukunftssicher mit 3D, 4k und haste nicht gesehen, dann einen neuen i5 mit HD Graphics 4600 und einer niedrigen TDP (also T, wie du schon sagtest). Deren Grafik Chipsatz schafft 4k bei 60hz. Da brauchst du dann aber ein Mainboard mit Display Port. Der wird dann allerdings teuer, so um die 200 bis 300 Euro.
SSD zum schnellen Hochfahren und leise HDD für Datenbank
MySQL DB? Würde ich nicht auf eine HDD legen. Gibt IMHO keinen Grund dafür. Einfach ein MySQL Backup per crontab aufsetzen und gut ist. Schreibzyklen sind schon länger kein wirklich relevantes Thema mehr für SSDs. Insbesondere auf Linux.
Hmm, ich glaube ich bin auf alle Fragen eingegangen und konnte etwas Licht in's Dunkle bringen 