Fast all deine genannten Punkte treffen doch genauso zu, wenn du den Film erst physisch & von der Bibliothek löschst und danach neu hinzufügst. Da musst du doch vorher auch manuell ran. Bereitest du da etwa das Verzeichnis vorher nicht selbst auf, bevor du es im Kontextmenü hinzufügst?
Was ich mich außerdem frage:
1. Was haben Metadaten in Pfad- & Dateinamen zu suchen?
Dort gehören meines Erachtens nach reine Filminfos rein (bspw. "Titel (Jahr)" oder "Titel (IMDB-id)" oder dergleichen). Der Titel alleine reicht ja nicht zur Unterscheidung.
Ansonsten ist in Ember aktuell ja ohnehin nur eine Film-Variante vorgesehen, d.h. die Metadaten können eindeutig von der zugehörigen Datei ermittelt werden. Einzige Ausnahmen:
- Videoquelle (welchen tatsächlichen Nutzen hat diese Information?)
- Releasegroup (wird momentan nicht berücksichtigt, hat auch kaum Informationsgehalt)
- Fassung/Cut (einzigste Info, die ich noch halbwegs nachvollziehen kann - wird aber auch mit Längenvergleich hinfällig, siehe nächster Absatz)
Erst wenn du mehrere Film-Varianten unterstützen möchtest (wie in unserer vorherigen Diskussion angesprochen), wäre es ggf. sinnvoll - mittlerweile bin ich aber wieder weg davon, da wir ja die beiden wesentlichen Informationen bereits haben: die "richtige" Filmlaufzeit von IMDB und die Videolaufzeit in der Datei. Das reicht zumindest mir, um zu wissen, ob ich weiterhin nach einer längeren Fassung Ausschau halten muss.
Es gibt dann nur noch wenige Ausnahmen, die man manuell behandeln muss (bspw. habe ich bei "Deadpool 2" zwei Fassungen, da gibt es eine familienfreundliche Variante mit anderen Inhalten unter derselben IMDB-ID), d.h. man muss den Titel zur Unterscheidung händisch pflegen und dieser sollte dann auch in Pfad- & Dateiname übernommen werden. Das macht man aber lediglich einmal. Wenn ich dann später diesen Film update, sollte der Titel sich ja nicht ändern - es ist ja nur eine andere/bessere Qualität desselben verdammten Films 
Hier jetzt die entscheidende Frage: Nutzen Kodi & Co. tatsächlich den Dateinamen (der sich nicht ändern sollte) oder Dateinamen+Dateierweiterung? Falls letzteres der Fall ist, kann ich dir folgen - ansonsten nicht. Denn dann sollte man programmseitig verhindern, dass automatisch Metadaten in Pfad- & Dateinamen übernommnen werden. Wenn der Nutzer das dann manuell immer noch macht, ist das sein Problem.
2. Andere Ember-Dateien (.nfo, Trailer, Bilder)
Wenn man 1. umsetzt, gibt es hier nur das Problem, wenn sich der Subpfad verschiebt - also bspw. der Ordner VIDEO_TS entfällt, weil da jetzt eine MKV drinliegt. Dann muss die .nfo neu aus der Datenbank und dem neuen .mkv generiert werden und alle sonstigen Dateien neu gescraped werden, falls der Nutzer so dumm war, die nicht vorab manuell zu sichern/zu verschieben.
Falls dann Informationen bei Kodi & Co. entfallen: Pech gehabt. Wäre beim Löschen und Neu hinzufügen nicht anders. Das Problem liegt dann an Kodi & Co., die damit nicht umgehen können.
3. Zugehörige Mediendateien (Subtitles, Hashes, whatever)
Wenn man ein Medienupdate macht, sollte man
- entweder selbst vorab auch alle veralteten Dateien entfernen
- oder eine Kontextmenü-Funktion "Medienupdate" sollte das machen mit einer Sicherheitsabfrage ala "Sind Sie sicher? Alle vorhandenen Mediendateien werden gelöscht und mit denen des ausgewählten Ordners ersetzt."
Fertig ist der Lack.
Übrigens handhabe ich das aktuell so, dass ich grundsätzlich alle vorhandenen Mediendateien mit etwaig vorhandenen Untertiteln merge (per MKVToolNix) und DVDs mit MakeMKV zu .mkv rippe. Am Ende bleibt da immer nur 1 Mediendatei übrig. Sauberer geht es nicht. Release-Infos, Samples usw. interessieren mich nicht - wozu auch? Alle wesentlichen Infos sind ja da.
4. Embers Umbenenn-Funktion
Pfad+Dateien werden doch automatisch umbenannt, sobald ich den Titel manuell anpasse. D.h. Pfad und Dateinamen sollten schon mal grundsätzlich, nachdem sie reinarchiviert wurden (d.h. als neuer Film aufgenommen und gescraped wurden), nicht mehr a.dvd.480p.german.groupsoundso.hastenischgesehenirgendwelcherdreck.avi heißen, sondern wie unter 1. erwähnt bspw. "Titel (Jahr).avi". Du hast da zwar noch explizit eine Benamungsoption eingebaut, in der man das ändern kann, aber sinnvoller geht es meines Erachtens nach kaum.
Ein Problem ist es halt, wenn da automatisch Metadaten drin landen dürfen und man updaten will - das würde ich dann als eigenständigen Film ansehen: also bspw. "Avatar 480p" wäre ein Film und "Avatar 2160p" ebenfalls eigenständig. Dann sollte aber der Ordner auch so heißen und dann wäre es so wie jetzt: Löschen und neuen Film hinzufügen.
Was mich bei der Umbenenn-Funktion übrigens wundert (hatte ich schonmal erwähnt): Dass nach dem (automatischen) Scrapen der Pfad- & Dateinamen nicht auch automatisch umbenannt werden. Da muss ich jedesmal händisch nochmal alle markieren und die Umbenenn-Funktion nutzen, die aber nicht immer alle umbenennt (erst nach mehrmaligem Ausführen).