Kann es zufällig sein, dass du WASAPI als Sound bei den Audiosettings in XBMC eingestellt hast? Ich persönlich hatte mit WASAPI und zocken immer Probleme. Mal gings mal nicht, mal hat das Bild gesponnen usw. Mit Direct Sound ist bei mir alles in Ordnung, anderenfalls musst du dir die Emulatorensettings mal zu Gemüte führen, vllt hast du da ja etwas übersehen.
Zum Schließen von Anwendungen: Das Problem hatte ich auch und man sich bestimmt über irgendwelche Eventmanager eine Taste der FB mit ALT+F4 belegen, hab ich allerdings kein Plan von. Automatisch geht es allerdings nicht soweit ich weiß. Du könntest bestimmt auch eine Taste von einem Gamepad belegen, allerdings fehlt dir die dann halt zum zocken. Hier mal meine Lösung: Ich habe mir einen USB Fußschalter gekauft (irgend so n China Ding auf eBay) und dem konnte ich mit der mitgelieferten Software ALT+F4 als Tastenkombination zuweisen. Da ich einen USB-Hub in meinen Wohnzimmertisch integriert habe (damit auch alle Controller etc. gemütlich angeschlossen werden können), ist der Fußschalter natürlich da angeschlossen und schön unter dem Tisch verlegt. Und wenn ich den Emulator schließen will, dann tret ich eben schnell druff 
Ich denke du arbeitest mit dem XBMCLauncher Tool, oder? Weil ich schließe XBMC nicht beim Starten von Programmen. Bei mir startet einfach das Programm und nach dem Beenden bekommt XBMC wieder den Focus, that's it 
Ich bin mir nicht sicher, aber es geht 100%ig auch automatisch am Tool einzustellen, dass wenn das gelaunchte Programm beendet wird, dass dann XBMC wieder gestartet wird!