Hi gibt es irgentwo in EMM die Möglichkeit zu filtern welche Filme, 3D-Filme sind
Aktuell gibt es in Ember keine Möglichkeit danach zu filtern. Du könntest aber eine eigene Liste erstellen, die nach dem Wert MoviesVStreams.Video_MultiViewCount = 2 filtert. Diese Liste kannst du unter Einstellungen => Diverses => Medien Listen Editor erstellen, z.B. so:
SELECT *
FROM
movielist
INNER JOIN MoviesVStreams ON (movielist.idMovie = MoviesVStreams.MovieID)
WHERE
MoviesVStreams.Video_MultiViewCount = 2
Diese Liste lässt sich dann unter der Filmliste im Filterpanel auswählen. Du kannst in den Einstellungen aber auch einen Tab basierend auf einer Liste erstellen, wenn du die Liste öfterst brauchst.
Alternativ zu MoviesVStreams.Video_MultiViewCount gibt's sonst noch diese Felder, nach denen man filtern kann:
MoviesVStreams.Video_MultiViewLayout z.B. Side by Side (left eye first), Top-Bottom (right eye first), Top-Bottom (left eye first), Checkboard (right eye first), Checkboard (left eye first), Row Interleaved (right eye first), Row Interleaved (left eye first), Column Interleaved (right eye first), Column Interleaved (left eye first), Anaglyph (cyan/red), Side by Side (right eye first), Anaglyph (green/magenta), Both Eyes laced in one block (left eye first), Both Eyes laced in one block (right eye first)
MoviesVStreams.Video_StereoMode z.B. left_right, bottom_top, checkerboard_rl, checkerboard_lr, row_interleaved_rl, row_interleaved_lr, col_interleaved_rl, col_interleaved_lr, anaglyph_cyan_red, right_left, anaglyph_green_magenta, block_lr, block_rl
MultiViewCount ist immer 2, sobald ein Layout/Stereomode festgelegt ist.
In der nächsten Version von Ember fällt das manuelle Erstellen der Listen via SQL Code aber weg und es wird sowas wie die Smart-Playlisten in Kodi geben, damit auch wirklich jeder die Abfragen erstellen/zusammenklicken kann. Investiere also nicht unendlich viel Zeit damit, möglichst komplexe Listen zu erstellen 
Und nein, ich kann nicht sagen wenn die nächste Version erscheint...
welchen Flag setzt ihr um diese Info bei den entsprechenden Filmen zu haben und vor allem noch die Methode (SBS HSBS HOU).
Die Flags sind in Ember vorgegeben und halten sich an die Vorgaben durch Matroska Header Tags. Falls die Info im MKV Header fehlt kannst du sie in Ember im Metadateneditor (RMT oder STRG+D in der Liste oder über den Edit-Dialog) bei der Videospur setzen (Doppelklick auf die Spur und das MultiviewLayout entsprechend einstellen).
Kodi interessiert sich aber leider nicht für die Info in der NFO und wird den Film erstmal nicht als 3D erkennen, ausser du lässt den Dateinamen entsprechend flaggen (lässt sich im Ember Renamer entsprechend einstellen): Link
Da Kodi die Einstellung nur erkennt, wenn sie auch im MKV Header drin ist würde ich gleich die MKV mit MKVToolNix entsprechend bearbeiten. Danach kannst du in Ember die Metadaten auslesen und Ember erkennt es dann auch gleich richtig. Ausserdem ist die Info dann für immer und ewig im File hinterlegt.
Wo zeigt er diese Info in Kodi an.
Kodi zeigt nur an, ob es ein 3D Video ist oder nicht. Welche Art (SBS, TAB) wird nicht angezeigt, aber in der DB gespeichert. Somit weiss Kodi dann beim Umschalten auf 3D auch gleich, welcher Modus zu verwenden ist.