Ich könnte viel eher vorstellen, dass es vielleicht an den Schreibberechtigungen liegt. Beim Schließen von Kodi werden die Daten in die Settings-Dateien geschrieben. Wenn das nicht klappt (aus welchem Grund auch immer), dann hat Kodi die Standard-Einstellungen und beim nächsten Öffnen werden diese auch wieder geladen. Habt ihr das mal geprüft. Vielleicht auch mal mit ADB an das Gerät gehen und sich so darauf einloggen?
Das hat hier auch weniger mit "Skins und Themes" zu tun. Vielmehr gehört das in den "Kodi Android" bereich.
Auf jeden Fall würde mal in dieser Richtung recherchieren oder selbst mal prüfen, welche Dateien vorliegen und wie diese aussehen, wenn Kodi geschlossen ist. Wichtig ist in dem Fall die guisettings.xml