Also bei mir funktioniert es. Ich habs genau so gemacht wie du oben schon beschrieben hast.
Also vor dem start von retropie den treiber killen und dann das controller script starten und vor dem beenden von retropie wird dasselbe gemacht aber das config script für kodi geladen.
Beides wird vom retropie watchdog script ausgeführt. Funktioniert super.