Wenn du im Betriebssystem selbst keine Lösung findest sehe ich da wirklich Probleme. Egal ob du es schaffst Chrome an die Fenstergröße anzupassen. Das Problem ist einfach die von Kodi gesetzte Skalierung gilt eben nicht für Chrome selbst diese dürfe unter der Normalen Skalierung ,von in deinem Fall "Windows" laufen.
Mit anderen Worten es wird egal wie du Chrome mit Start Optionen zu pflasterst, immer Probleme mit der Fenster Position und Größe geben, da Kodi nicht den Fenstermanager für Chrome übernimmt.
Ich weiß nicht wie es um deine Linux Kenntnisse steht, jedoch hast du dort Freie Treiber die meist sehr gut umgesetzt werden, wäre eventuell mal mit einer Live DVD einen Test wert.
Sollte es mit den Werten die du Chrome mitgibst tatsächlich, trotz unwahrscheinlichem Szenarios bei dir laufen, kannst du auch den Chrome Launcher was Startoptionen angeht anpassen. Müsste jetzt auch erst schauen, aber in dem Addon Verzeichnis liegt eine Datei (skript) welches Chrome diverse Start Optionen mitgibt. Einfach mal schauen sind nur wenige die in frage kommen, die Startoptionen dort einfach ergänzen.