Huch, das ging ja schnell! 
So ein Quatsch, die Programme sind natürlich in dem Autostart-Script, da hab ich mich verschrieben!
Dort ist auch noch (an erster Stelle) eine WOL.exe die ein Magic Packet senden soll, was auch nicht passiert.
Ich habe athoc einfach mal den Trigger von Anmeldung auf Systemstart gesetzt.
Das mit der Maus werde ich nach dem Post nochmal ausprobieren, aber ich glaube das hatte ich schon erfolglos versucht.
Stimmt, eigentlich brauchen die beiden Programme keinen Focus, werde sie sobald alles läuft wieder rausnehmen.
Hab grad mal in der Ereignisanzeige geschaut und zwei Fehler und eine Warnung gefunden:
Fehler beim Generieren des Aktivierungskontextes für "C:\Program Files (x86)\SoundGraph\iMON\system\SG_ShellMon64.exe". Die abhängige Assemblierung "Microsoft.VC80.MFC,processorArchitecture="amd64",publicKeyToken="1fc8b3b9a1e18e3b",type="win32",version="8.0.50608.0"" konnte nicht gefunden werden. Verwenden Sie für eine detaillierte Diagnose das Programm "sxstrace.exe".
Fehler beim Generieren des Aktivierungskontextes für "C:\Program Files (x86)\SoundGraph\iMON\system\RegDll64.exe". Die abhängige Assemblierung "Microsoft.VC80.MFC,processorArchitecture="amd64",publicKeyToken="1fc8b3b9a1e18e3b",type="win32",version="8.0.50727.4053"" konnte nicht gefunden werden. Verwenden Sie für eine detaillierte Diagnose das Programm "sxstrace.exe".
WARNUNG:
Der Crawl konnte für die Inhaltsquelle <winrt://{S-1-5-21-1877412989-3964745003-42336447-1001}/> nicht abgeschlossen werden.
Kontext: Anwendung, SystemIndex Katalog
Details:
Falscher Parameter. (HRESULT : 0x80070057) (0x80070057)
Und (glaube nicht, dass das etwas damit zu tun hat):
Fehler beim Generieren des Aktivierungskontextes für "C:\Program Files (x86)\SoundGraph\iMON\system\SG_ShellMon64.exe". Die abhängige Assemblierung "Microsoft.VC80.MFC,processorArchitecture="amd64",publicKeyToken="1fc8b3b9a1e18e3b",type="win32",version="8.0.50608.0"" konnte nicht gefunden werden. Verwenden Sie für eine detaillierte Diagnose das Programm "sxstrace.exe".
EDIT:
Okay, über Systemstart geht der Display garnichtmehr, hab ich wieder auf Anmeldung umgestellt! 
Wenn ich mit der Maus in XBMC klicke funktioniert die Tastatur! Ich habe die anderen beiden Programme aus dem Autofocus-Scrip rausgenommen, jetzt geht die Tastatur! 
Ach ja! Wenn ich die Scripte nach Anleitung eingebunden habe, kam immer ein "Öffnen mit" Dialog, daher habe ich es in der Aufgabenplanung mit: wscript.exe "C:\Program Files (x86)\XBMC Autostart\Programm Autostart\Programmstart.wsf" gestartet!