zu1) der RPI kann ohne extra Codec kein VC-1 und kein MPEG2 wiedergeben. Meine Vermutung wäre, dass in der MKV ein VC-1 Container steckt und es daher nicht richtig geht.
zu2) kein Plan ob da Yatze wirklich das richtige macht. Gehe mal in die XBMC Settings und bereinige dort.
Ansonsten schau mal in deinen Quellen nach ob du nicht vielleicht die Serien zwei mal drin hast.
Es könnte auch an eventuellen Trailern oder anderen Dateien liegen die sich zusätzlich noch im Staffel Ordner befinden.