ember und lokake festplatten

Hat Ember die Einstellungen nicht lokal (.ini File oder sonstiges) gespeichert ? Falls ja mach' dir doch einfach eine Kopie des Verzeichnisses und pass die Konfiguration an die USB Platte an.
Ich persönlich hänge immer nur die Verzeichnisse, bei denen sich was geändert hat rein, so kann ich bequem zwischen NAS und USB switchen.

Wie sieht dein Settings denn genau aus? Hast Du die Filme/Serien auf externen Platten, die du entsprechend zwischen Ember (PC) und HTPC umhängst oder läuft Kodi auf dem Rechner, den Du für Ember verwendest?

Wenn es der Platz hergibt würde ich die Serien natürlich auf das QNAP schieben. Andernfalls gibt's zwei Möglichkeiten, jenachdem wie deine Einstellungen sind:

Eigenes Profil für USB Festplatten:
Die Alpha von Ember unterstützt Profile. Einfach den Ordner .\Ember Media Manager\Profiles\Default kopieren und z.B. in .\Ember Media Manager\Profiles\USB umbenennen. Dort die MyVideosXX.emm löschen, damit eine neue Datenbank erstellt wird. Beim Start dann das neue Profil wählen und die USB-Festplatte als neue Quelle hinzufügen.

Default Profil nutzen:

Da die Festplatte ja nicht immer am Rechner hängt ist es ichtig, dass du unter Einstellungen => Serien => Dateien und Quellen die Option Bereinige Datenbank nach dem Update deaktivierst. Ansonsten werden beim DB-Update die Serien immer wieder aus Ember entfernt, wenn du ein DB-Update machst und die Festplatte nicht angeschlossen hast, und wieder hinzugefügt, wenn die Festplatte dran hängt. Wenn du auch das Kodi-interface nutzt dann einfach diese Quelle nicht mappen, dann sendet Ember auch keine Daten an Kodi (es könnte jedoch sein, dass ein Error geloggt wird, weil eben das Mapping fehlt... einfach ignorieren).